현행법은 대통령이 헌법재판소 재판관 9인을 임명하되 재판관 중 6인은 국회에서 선출하는 3인, 대법원장이 지명하는 3인을 각각 임명하도록 규정하고 있으나, 대통령이 자의적으로 임명을 거부하거나 지연하는 경우가 발생하여 헌법재판소의 정상적인 운영을 저해한다는 지적이 제기되고 있음.

또한, 현행법 제6조제1항은 “재판관은 대통령이 임명한다.

이 경우 재판관 중 3명은 국회에서 선출하는 사람을, 3명은 대법원장이 지명하는 사람을 임명한다”고 규정하고 있으나, 대통령 궐위 시 대통령 권한대행이 국회 선출 3인과 대법원장 지명 3인 외에 헌법재판관을 임명할 권한이 있는지에 대해 명확하게 규정하고 있지 않아 논란이 제기될 수 있음.

이에 헌법재판관 중 국회에서 선출하는 3인과 대법원장이 임명하는 3인 외에 헌법재판관을 대통령 권한대행이 임명하지 못하도록 함으로써 재판관 임명 권한의 법률 해석을 명확히 하여 올바른 헌법정신을 구현하고, 국회가 선출하거나 대법원장이 지명한 재판관에 대하여는 정당한 사유가 없는 한 선출 또는 지명된 날로부터 5일 이내에 대통령이 임명하도록 하여, 헌법재판의 공백 문제를 방지하고 심리의 연속성 및 안정성을 확보하려는 것임.

한편, 헌법재판관의 공무담임권보다 국민이 공정한 재판을 받을 권리가 우선이므로 재판관의 결격사유를 강화할 필요가 있으며, 헌법재판소의 헌법소원 인용 결정은 모든 국가기관과 지방자치단체를 기속하는 효력이 있음에도 국가기관등이 이를 따르지 않을 경우 국가의 법치주의 질서가 와해되는 결과를 초래한다는 지적이 제기되고 있음.

이에 정당의 당원 또는 당원의 신분을 상실한 날부터 5년이 경과되지 아니한 사람, 「공직선거법」 제2조에 따른 선거의 후보자로 등록한 날부터 5년이 경과되지 아니한 사람 및 선거에서 후보자 당선을 위하여 선거운동을 수행한 날로부터 5년이 경과되지 아니한 사람 등을 헌법재판관으로 임명할 수 없도록 자격요건을 강화하고, 헌법재판소가 국가기관 또는 지방자치단체의 공권력의 불행사에 대하여 청구된 헌법소원심판을 인용하는 결정을 하였음에도 해당 피청구인이 즉시 결정 취지에 따라 새로운 처분을 하지 아니한 때에는 「형법」상 직무유기보다 벌칙을 강화하여 5년 이하의 징역 또는 금고에 처하도록 하여 인용 결정의 실효성을 확보하려는 것임(안 제5조제2항, 제6조 및 제80조 신설).