항공ㆍ철도사고조사위원회는 항공사고 및 철도사고 등의 원인을 규명하고 재발을 방지하기 위한 조사기관임에도 불구하고, 국토교통부 소속으로 설치되어 있어 감독기관과 조사기관이 구조적으로 얽혀 있다는 ‘이해충돌’ 문제를 안고 있다는 지적이 제기됨.

특히 대형 인명피해가 발생한 사건에서 조사 대상이 국토교통부, 공항공사, 항공사 등으로 확장되는 경우 감독기관 산하 조사구조는 ‘셀프조사’로 귀결될 위험이 있어 국민적 신뢰를 확보하기 어렵다는 우려가 존재함.

또한 현행법은 피해자의 조사 절차 참여를 명확히 보장하지 않아 사고 원인 규명과 책임 판단 과정에서 정보 비대칭이 발생하고, 조사 결과에 대한 사회적 수용성이 낮아지는 문제가 지속적으로 제기되고 있음.

이러한 문제는 향후 국가배상 및 형사책임 등의 규명 과정에도 심각한 영향을 미치는 측면이 있음.

이에 항공ㆍ철도사고조사위원회를 국무총리 소속 독립기관으로 승격하고, 위원의 제척ㆍ기피ㆍ회피제도 명문화, 청문회 도입, 회의록의 작성 및 공개 의무 등 사고 조사 과정에서 피해자의 참여권을 충분히 보장하기 위하여 필요한 제도 등 보완이 필요한 사항을 법률에 반영하여 사고조사의 공정성과 재발 방지 기능을 실질적으로 강화하고자 함(안 제4조 등).