현행법은 「초ㆍ중등교육법」에 따른 인가를 받지 않고 대안교육을 실시하는 시설등을 대안교육기관으로 정의하며, 대안교육기관의 등록요건, 대안교육기관 설립ㆍ운영자의 결격사유 등 대안교육기관의 설립ㆍ운영 등에 관하여 규정하고 있음.

그런데 최근 대안교육기관에서 학생들에게 정치적ㆍ파당적 또는 개인적 편견을 전파하기 위한 역사왜곡 교육을 하는 사례가 있는 것으로 파악되고 있음에도 이를 지도ㆍ감독해야하는 교육감 등은 역사왜곡 교육을 하는 대안교육기관에 보조금을 지급하는 등 대안교육기관의 운영 등에 대한 관리ㆍ감독에 문제가 있다는 지적이 있음.

이에 대안교육기관이 교육의 중립성을 준수하고 법령에 맞게 운영할 수 있도록 대안교육의 중립성을 위반하는 대안교육기관은 운영 경비 지원 대상에서 배제 및 등록 취소할 수 있도록 하고, 교육감 및 지방자치단체의 장으로 하여금 대안교육기관이 법에 규정된 등록사항에 따라 운영되고 있는지 정기적으로 점검하도록 하였음.

또한 대안교육기관의 교과용 도서와 교육자료, 운영에 대해 제안 및 건의사항 등을 심의하는 대안교육기관 운영위원회에 지역사회 대표를 포함하도록 하고, 동일 또는 유사명칭 사용금지, 대안교육기관을 설립ㆍ운영하려는 자가 법인인 경우 그 소속 임원의 결격사유에 대한 사실 조사 및 신원조회 등의 협조를 요청할 수 있도록 함(안 제3조의3 신설 등).