교육환경보호원은 교육부 소관 공직유관단체로서 교육환경보호 정책 수립을 위한 자료 개발 및 정책 분석, 교육환경평가서 검토 등 교육환경 보호와 관련된 업무를 수행하고 있음.

그러나 현행법은 교육환경보호원의 설립 및 업무 등 기본적인 사항만을 규정하고 있을 뿐, 임원과 이사회, 교육부장관의 지도ㆍ감독 등 기관 운영의 주요 사항을 정관에 포괄적으로 위임하고 있어, 기관 운영의 투명성, 관리ㆍ감독의 체계성이 충분히 확보되지 않은 측면이 있음.

이에 교육환경보호원의 임원 및 이사회의 구성과 지도ㆍ감독 권한을 명시함으로써 교육환경보호원 운영의 투명성과 책임성을 제고하려는 것임(안 제13조의2부터 제13조의4까지 신설 등).