2026년 3월 6일 「상법」(법률 제21448호)이 공포ㆍ시행되면서 자기주식의 권리 제한, 원칙적 소각의무 및 예외적 보유ㆍ처분 절차가 마련되어 자기주식의 자본거래적 성격을 명확히 하는 제도 정비가 이루어졌고, 상법 시행령ㆍ자본시장법 시행령 등 관련 하위 법제도 순차적으로 정비되었음.

이러한 개정 상법을 반영하여 정부도 자기주식등 처분이익을 익금불산입 대상으로, 자기주식등 처분손실을 손금불산입 대상으로 각각 추가하는 「법인세법」 일부개정법률안(이하 “정부안”이라 한다)을 국회에 제출하였으나, 정부안의 적용시기를 2027년 1월 1일 이후 처분하는 분부터 하고 있음.

그러나 정부안과 같이 자기주식등 처분손익에 관한 개정규정을 2027년 1월 1일 이후 자기주식을 처분하는 분부터 적용할 경우, 2026사업연도 중 자기주식등의 처분에 대하여 상법ㆍ회계와 세법 간 정합성이 저하되고, 같은 2026년 내에서 자기주식등의 처리방법과 처분시기에 따라 법인 간 조세부담이 달라져 조세 중립성이 저해될 뿐만 아니라, 법인이 세제상 유리한 취급을 받기 위하여 자기주식등의 처분을 2027년 1월 1일 이후로 인위적으로 지연할 유인이 발생하여 시장 왜곡을 초래할 우려가 있음.

아울러 2025년부터 자기주식의 원칙적 소각과 보유ㆍ처분 규제 강화가 정부 정책 및 다수의 상법 개정안으로 구체화 됨에 따라, 상당수 기업들은 상법 시행 전인 2026년 초경부터 예상되는 제도변화에 부응하여 자기주식의 소각 또는 처분을 적극적으로 검토ㆍ실행하여 왔음.

따라서 이러한 기업들이 자기주식등 처분손익에 관한 개정규정의 적용대상에서 제외된다면 정부의 제도변화에 조기에 부응한 기업이 조세부담 측면에서 불리해질 뿐만 아니라 납세자의 신뢰보호를 저해하는 불합리한 결과가 발생할 수 있음.

이에 되, 종전 규정을 선택한 경우에자기주식등 처분손익에 관한 개정규정을 2027년 1월 1일 이후 최초로 신고하는 분부터 적용하고, 내국법인이 2026년 12월 31일까지 처분한 자기주식등에 대해서는 종전 규정의 적용을 선택할 수 있도록 하는 해당 법인의 모든 자기주식등 처분에 대해 이를 일관되게 적용하도록 하고자 함(안 제17조제1항제7호 신설 등).