현행법상 법원의 재정결정이 있으면 관할 지방검찰청의 검사장은 지체없이 담당검사를 지정하고, 지정된 담당검사는 공소를 제기ㆍ유지하여야 함.

본래 재정신청제도는 1954년 「형사소송법」 제정부터 존속하여 온 제도로서, 2007년 개정 전까지는 법원이 재정결정을 하고 공소제기와 유지를 담당하는 변호사를 지정하는 방식으로 운영되어 왔음.

그런데 2007년 개정 과정에서 사법 효율성을 이유로 지정변호사 제도를 폐지하고 불기소 처분을 내렸던 검사에게 다시 공소유지를 강제로 맡기는 방식으로 제도가 변경되었음.

지정변호사 제도가 검사의 공소제기로 개정된 지 약 20년이 흐른 지금, 그동안의 경험을 바탕으로 "불기소 판단을 한 검찰에게 법원 명령이라고 해서 억지로 공소제기 및 유지를 맡기는 것"은 구조적인 모순이라는 지적이 제기되고 있음.

재정결정에 따라 공소가 제기된 사건임에도 불구하고 담당 검사가 공판 과정에서 소극적으로 임하거나 무죄를 유도·구형하는 등 제도의 취지를 몰각시키는 사례가 발생하는 등, 재정결정에 따라 검사가 공소를 제기하도록 하는 현행 제도는 국민의 사법제도에 대한 신뢰를 저해하는 요소로 작용한다고 평가됨.

이에 현행법상 재정결정에 따라 검사가 공소를 제기하고 이를 유지하는 대신, 법원에 의해 지정된 독립된 변호사가 공소를 제기하고 유지하도록 함으로써 검찰의 기소독점주의를 실효적으로 견제하고 사법 정의를 바로 세우려는 것임(안 제262조의5 신설 등).