현행 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」은 기업ㆍ대학ㆍ연구소ㆍ공공기관 등의 기관이 서로 긴밀하게 협력할 수 있는 혁신여건과 수준 높은 주거ㆍ교육ㆍ문화 등의 정주(定住)환경을 갖추도록 개발하는 미래형 도시인 혁신도시를 지정하고 있음.

또한 중앙행정기관과 그 소속기관, 현행법에 따른 공공기관 등 혁신도시로 이전하는 이전공공기관에 대하여 시설의 건축에 필요한 비용과 고용보조금의 지원, 국ㆍ공유재산 임대료 감면 등 재정지원과 특례를 부여하여 기관의 혁신도시 이전을 적극적으로 장려하고 있음.

그런데 혁신도시로 이전한 공공기관이 이후 정원 및 인원을 조정하며 혁신도시로부터 인원이 유출됨에 따라 혁신도시 설립의 취지가 훼손되고 있다는 지적이 있음.

이에 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」에 따라 이전한 공공기관이 혁신도시 내 본사, 사무소 등의 정원을 감축하고자 하는 경우 주무기관의 장 및 기획재정부장관과 사전에 협의를 하도록 하려는 것임(안 제51조의3 신설).