현행법은 「양식산업발전법」을 준용하여 선박의 항행ㆍ정박 등을 위하여 필요한 경우나 공익사업을 위하여 필요한 경우 등에 수산종자생산업의 허가를 제한 또는 정지할 수 있음을 규정하고 있음.

그런데 「양식산업발전법」은 해당 처분으로 손실을 입은 자로 하여금 그 처분을 한 행정관청에 보상을 청구할 수 있는 규정을 두고 있는 반면, 현행법은 허가를 제한 또는 정지할 수 있다는 규정을 준용하되 이로 인한 손실에 대한 보상 청구에 관한 규정은 준용하고 있지 아니한 문제점이 있음.

이에 「양식산업발전법」의 보상 규정을 준용하도록 함으로써, 행정관청의 처분으로 발생한 손실에 대한 정당한 보상을 통하여 수산종자생산업자의 재산권 보장에 기여하려는 것임(안 제27조).