현행법에는 혁신도시로 이전을 완료한 공공기관에 대한 사후관리 내용이 미흡하고 지침에서만 규정하고 있어 이전공공기관이 지방이전이 완료된 이후에도 지자체와 사전협의 없이 일부 조직ㆍ인력ㆍ시설 등을 수도권 등으로 재이전하려는 사례가 발생하고 있음.

이는 혁신도시 활성화 및 국가균형발전이라는 입법 취지를 훼손하고, 지역사회 논란과 갈등을 초래하여 정책의 지속 가능성을 저해하는 문제를 낳고 있음.

따라서, 법령의 개정을 통해 이전완료공공기관이 반드시 사후관리방안을 수립ㆍ승인 받도록 하고, 조직ㆍ인원ㆍ시설 등을 재이전하는 경우 지자체와 사전협의 및 행정기관의 장과 국토교통부장관의 승인을 의무화하는 것을 원칙으로 하려는 것임(안 제4조의2 신설).