대안교육기관은 공교육을 보완하면서 학생과 학부모의 선택권을 확대하는 중요한 역할을 하고 있으나, 일부 대안교육기관의 운영 과정에서 정치적 이념이 과도하게 반영되는 사례가 발생하면서 교육 본래의 목적이 훼손될 수 있다는 우려가 급증하고 있음.

이에 대안교육이 정치적ㆍ파당적 또는 개인적 편견을 전파하기 위한 방편으로 이용될 수 없도록 하여 교육의 본래 목적을 지키고 학생의 학습권을 두텁게 보호하려는 것임(안 제3조의3 신설).