현행 국가과학기술자문회의는 국가 과학기술 정책의 최고 심의기구이나, 실제 범부처 연구개발(R▒D) 예산 관련 실무를 총괄하는 과학기술정보통신부 과학기술혁신본부와의 연계가 미약하다는 지적이 제기되고 있음.

현재 과학기술정보통신부장관은 여러 당연직 위원 중 1인에 불과하여 주도적인 조정 역할을 수행하기 어렵고, 범부처 과학기술혁신을 총괄하는 과학기술혁신본부장은 국무회의 배석 대상임에도 불구하고 정작 과학기술자문회의에는 참석 권한이 명확하지 않아 정책 결정과 집행 사이의 단절이 발생하고 있음.

또한, 대통령비서실의 과학기술 정책을 보좌하는 수석비서관, 과학기술혁신본부장, 국가과학기술자문회의 부의장이 각각 분절적으로 존재하여 국가 R▒D 거버넌스의 효율성을 저해하고 있다는 비판이 있음.

이에 과학기술자문회의의 수석부의장을 과학기술정보통신부장관이 맡도록 하고, 과학기술혁신본부장을 과학기술자문회의의 위원 및 간사위원으로 지정함으로써 과학기술자문회의와 과학기술혁신본부 간의 연계를 강화하고 범부처 과학기술 혁신 정책의 총괄ㆍ조정 기능을 제고하려는 것임(안 제3조부터 제5조까지 및 제9조제1항).