현행 「군사법원법」에 따른 군사안보지원부대인 국군방첩사령부는 현행법 제44조 등에 따라 「형법」 중 내란의 죄, 「군형법」 중 반란의 죄 및 「군사기밀보호법」 위반의 죄 등 안보범죄에 대한 수사 권한을 갖고 있으며, 「국군조직법」 제2조 등에 따라 군 방첩정보, 군사보안 관련 업무 등을 수행하고 있음.

그러나 그 기능적 중요성에도 불구하고 단일기관에 과도하게 집중된 권한으로 인해 권력기관으로 군림하고 정치에 개입하는 사례가 생김에 따라 국군방첩사령부에 대한 국민의 우려와 불신이 높은 상황임.

또한 「군사법원법」이 2026년 2월 5일부로 일부개정되어 군사경찰에게 군사법원이 관할하는 모든 사건에 대한 수사 권한이 부여됨에 따라 국군방첩사령부와 군사경찰이 모두 안보범죄에 대한 수사 권한을 가진 상황임.

따라서 국군방첩사령부의 안보범죄에 대한 수사 권한을 폐지하여 군 정보기관 본연의 임무에 집중할 수 있도록 하고, 해당 수사 기능은 군사경찰이 수행하도록 하여 수사 기능을 일원화하기 위하여 국군방첩사령부 소속 군사법경찰관 및 군사법경찰리의 임명 권한 등을 규정한 제43조 및 제46조와 그 직무범위를 규정한 제44조를 개정하려는 것임.

아울러 「군사법원법」에서 개정하고자 하는 조문을 인용하고 있는 「군사경찰의 직무수행에 관한 법률」, 「군사기밀 보호법」 및 「사법경찰관리의 직무를 수행할 자와 그 직무범위에 관한 법률」을 부칙의 다른 법률의 개정을 통하여 함께 개정하려는 것임(안 제43조 등).