행정중심복합도시인 세종특별자치시는 중앙행정기관과 국책기관이 집적된 도시로서 사실상 대한민국의 행정수도 기능을 수행하며 국가균형발전을 선도하고 있음.

그러나 세종특별자치시는 광역자치단체와 기초자치단체의 기능을 동시에 수행하는 단층제 행정구조를 갖고 있고, 국가 주도의 도시 건설 과정에서 발생하는 행정ㆍ재정 수요가 지속적으로 증가하고 있음에도 불구하고 일반 지방자치단체와 동일한 재정제도를 적용받고 있어 안정적인 재정 기반을 확보하는 데 한계가 있음.

그동안 보통교부세의 보정기간을 한시적으로 연장하는 방식으로 대응해 왔으나, 이러한 임시적인 조치만으로는 세종특별자치시의 불안정한 세입기반을 근본적으로 해결하기에 한계가 있음.

특히 중앙행정기관 이전, 국회세종의사당 및 대통령 제2집무실 설치 등 행정수도 기능이 확대됨에 따라 행정서비스 수요와 도시 인프라 확충 비용이 지속적으로 증가하고 있어 이에 상응하는 재정 지원 제도 마련이 필요한 상황임.

이에 세종특별자치시의 행정수도 기능 수행에 필요한 안정적인 재정 기반을 확보하기 위하여 「지방교부세법」 제6조제1항에도 불구하고 행정안전부장관이 세종특별자치시에 같은 법에 따른 보통교부세 총액의 100분의 1을 보통교부세로 교부하도록 규정함(안 제14조제2항).