현행 「과학기술기본법」에서는 국가 연구개발사업 예산 편성과정에서 과학기술자문회의의 심의를 거쳐 그 결과를 매년 6월 30일까지 기획재정부장관에게 알리고, 기획재정부장관은 특별한 경우를 제외하고는 과학기술자문회의의 심의 결과를 반영하여 예산을 편성하도록 하고 있음.

하지만 2024년도 예산안 편성과정에서 정치적 논리에 따라 R▒D 예산이 삭감되며, 사실상 과학기술자문회의 심의가 형해화되었다는 지적과 함께 이를 견제할 수 있는 제도적 장치가 필요하다는 비판이 제기되고 있음.

이에 기획재정부장관이 과학기술자문회의의 심의 결과를 변경하여 국가연구개발사업 예산을 재조정하는 경우 그 내역과 사유를 지체 없이 국회에 보고하고, 공청회를 개최하도록 하며, 국회의 동의를 거치도록 해 과학기술자문회의의 심의 결과가 R▒D 예산 편성에 충실히 반영될 수 있도록 하려는 것임(안 제12조의2제9항 신설).