현행법은 군인의 기본권 보장 및 침해에 대한 권리구제를 위하여 군인권보호관을 두도록 하고 군인권보호관의 조직과 업무 및 운영 등에 관하여는 따로 법률로 정하도록 규정하고 있으며, 이에 따라 「국가인권위원회법」은 군에서의 인권 침해와 관련하여 군인권보호위원회에 대한 진정권을 보장하고 사건 조사 및 피해자 보호 등에 대하여 명시하고 있음.

국방부와 각 군 또한 군인의 인권 침해에 대한 진정 사건 조사를 실시하고 있으나 법률에 명시되지 않은 국방부훈령인 「군 인권업무 훈령」에 따르도록 하고 있어 절차적 적법성에 문제가 있을 우려가 있으며, 기관 간 업무협조와 조사 활동에 필요한 여건도 구현되기 어려운 상황임.

이에 인권 침해에 대한 군인의 진정권과 이를 처리하는 군 기관의 역할 및 업무범위를 명확하게 하고, 군의 인권 구제 활동에 대한 법률상 근거를 마련하려는 것임(안 제42조의2부터 제42조의4까지 신설 등).