현행법은 2개 이상의 지방자치단체가 공동으로 특정한 목적을 위하여 광역적으로 사무를 처리할 필요가 있을 때에는 특별지방자치단체를 설치할 수 있도록 하면서, 특별지방자치단체의 운영 및 사무처리에 필요한 경비는 구성 지방자치단체가 분담하며, 이에 대하여 특별회계를 설치·운영하도록 하고 있음.

메가시티 구축을 위하여 지방자치단체 간 특별지방자치단체 논의가 지속되고 있는 상황인데, 관련 경비를 구성 지방자치단체에 설치된 특별회계만으로 운영하도록 하는 것은 지방재정 자립도를 고려할 때 실현 가능성이 낮아 별도의 재정 지원이 필요하다는 의견이 있음.

이에 국가는 특별지방자치단체의 발전을 위한 안정적인 재정확보를 위하여 각종 국가보조사업의 수행 등에 소요되는 비용에 대하여 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」의 지역균형발전특별회계에 별도 계정을 설치하여 지원할 수 있도록 하려는 것임(안 제206조의2 신설).