「조세특례제한법」에 따라 특례세율을 적용받아 법인세를 감면받은 조합법인은 그 감면분의 20%를 농어촌특별세로 납부해야 하는데, 현행법은 특례세율을 적용받는 조합법인 중 농？수산협동조합 및 산림조합에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하는 반면, 신용협동조합 및 새마을금고는 그 비과세대상에서 제외하고 있음.

그런데 신용협동조합 및 새마을금고의 설립취지가 농어민, 서민 등 경제적 약자의 복리증진을 위한 것임을 고려하여, 「조세특례제한법」은 신용협동조합 등에 대하여 농？수산협동조합 등과 동일하게 과세특례를 적용하고 있는데, 현행법은 농어촌특별세에 대하여는 차별을 두고 있어 조합법인 간의 조세 형평성이 저해된다는 지적이 있음.

이에 신용협동조합 및 새마을금고에 대하여도 농？수산협동조합 등과 동일하게 농어촌특별세 비과세 규정을 두어 조합법인의 경쟁력을 강화하려는 것임(안 제4조제2호의2 신설).